到底秦始皇是千古一帝，还是无道暴君？这是大家至今争论不休的历史课题。一方面，他焚书坑儒、过度役使人民修建阿房宫及万里长城等大型土木工程，应当被视为暴君，事实上，司马迁在著述《史记‧始皇本纪》时，批评他“恩寡情薄，心若虎狼”；但另一方面，他结束了战国的分裂时代，实现统一天下的伟大事业，统一文字、度量衡，以及推行郡县制，构建了中国历朝的基本政治体制，应是千古一帝。那么，为何史家对他的评价如此负面呢？
秦始皇的过失
究其原因主要有二：其一，汉朝夺取天下后，为了令汉朝统治合法化，必须宣扬秦朝的政治过失。贾谊在《过秦论》中论证秦朝的种种过失，司马迁在《史记》也持此说。是故，我们在阅读《史记》时，应当注意司马迁身为汉朝史官的立场。其二，始皇推崇法家，镇压儒者，被视为儒家大敌。自汉武帝罢黜百家，独尊儒术后，儒家学说成为历朝的正统思想。他焚书坑儒之举，自然成为世人批判的对象。然而，若仅从上述两个立场出发，则无法客观地全面评价秦始皇的历史功过。
始皇最受非议之处，主要是焚书坑儒。他用焚书的办法钳制思想，应受到谴责。然而，他这样做，并非一时冲动。商鞅认为应该毁灭诗、书、礼、乐等书，而且确曾付诸实践。焚书乃秦国传统，商鞅变法时，秦国已有焚诗、书之举。商鞅变法在公元前359年，下距秦始皇焚书147年。
值得注意的是，秦始皇不是在统一天下后，马上采取焚书坑儒的政策。焚书是在统一天下后第九年；坑儒是在统一天下后第十年。在此之前，始皇对于文化思想持开放态度。他召集的文学方术之士甚众，博士们在咸阳宫与丞相、御史大夫等重臣一起讨论政制问题。他巡行郡国时也有博士随行，对方术之士更是言听计从。然而，这些文学方术之士皆生于战国时代，始皇认为不切实际的古典文献，他们却认为应予保存，并指“事不师古而能长久者，非所闻也。”于是，他们引经据典，批评秦朝的新政。他们不仅口头批判，还著书立说。虽然如此，始皇尚未下令焚书。直至博士淳于越倡言反对郡县制，主张恢复封建时，始皇才下令焚书。至于坑儒，则是因为方士卢生不但欺骗秦始皇有长生不死之药，还大肆攻击他，这令秦始皇无法容忍。
当然，秦始皇镇压异己，钳制思想的手段是相当残酷。在秦始皇看来，皇帝说是黑的就是黑，说是白的就是白，天下臣民不需要问为什么，只要绝对服从就行了，所以他要彻底消灭往昔的历史和民间的学术。他规定“有敢偶语《诗》、《书》者弃市，以古非今者族。”他要杀掉一切敢聚在一起谈论儒家经典《诗》、《书》的人，凡是敢用古学非议时政的人，不但要杀掉，还要将与他有血缘关系的人全部杀光，这就太过分了